A fundação da Igreja é contemporânea da da instituição da Misericórdia.
Simplesmente, passou também por grandes obras, como to o edifício, em 1555 ou 1556, transferindo-se o culto para a da Madalena Nova. A eleição de 1566 (a 2 de Julho) foi já feita na igreja nova, portanto obra do século XVI. É de 3 naves com abóbodas sobre colunas da ordem toscana, vindo as naves dos lados estreitando do meio até até quase acabarem em ponta junto da nave principal, pelo apertado do terreno que ocupa entre as ruas da Feira e da Cadeia.
A sua frente é para o Largo da Misericórdia. Sobre o pórtico, da parte de fora, foi colocada uma imagem da Nossa Senhora da Piedade, que estivera encimando a porta do antigo Hospital.
Tem 3 capelas. Na capela-môr, pintada a fresco por José d'Escovar em 6 de Fevereiro de 1606, há um grande e execelente painel da Visitação de Nossa Senhora a Santa Isabel, do pincel de Joaquim Manuel da Rocha, que faleceu em 1786; à direita e à esquerda altares com as imagens de Nosso senhor Salvador e Santa Luzia; uma urna da alvenaria feita em Agosto de 1856, à direita da qual uma imagem do Sagrado Coração de Jesus e à esquerda S. Francisco de Assis. Em lugar de honra sobre a urna o Sacrário com o Santíssimo Sacramento, que, em quinta-feira Santa se transfere para o Sacrário próprio da Igreja, que está na capela lateral da parte do Evangelho e é o de Nossa Senhora do Amparo, a cuja Irmandade nos referiremos. Ainda nesta nave está uma linda imagem de Nossa Senhora das Misericórdia.
A alcatifa, por sinal duas reunidas numa só,da capela-môr, foi comprada em 1845 por 63 mil réis, 30 pelo cofre da Santa Casa, 20.500 pelo da Irmandade do Amparo, 10.000 pelo da confraria de Santa Luzia e 2.500 de esmola dada pelo Barão da Foz. O painel de azulejos polícromos com as armas portuguesas e o emblema da Santa Casa, que está no arco do cruzeiro, custou em Lisboa 12 mil réis, e foi oferta dum devoto, conforme se declara em Mesa de 25 de Março de 1832 (livro de Actas, 1.º, fls. 26).
Na capela do lado da Epístola encontra-se Nosso Senhor Crucificado. Estas capelas laterais eram de madeira dourada, sendo modificadas para cantaria em 1814, por Angélico Vellez, de Borba. Em 1846 fizeram-se as seguintes obras na igreja: o coro de madeira sobre o guarda-vento, as duas janelas laterais e os dois confessionários, sendo o da direita no vão de uma porta que deitava para a rua da Feira e se entaipou. Do lado da Epístola, foi construído um bem trabalhado púlpito em ferro forjado. O órgãoera da igreja do extnto Convento de S. Paulo e foi avaliado entre 30 a 40 milréis. A requerimento do Provedor foi entregue à Misericórdia, a título de depósito ou empréstimo, pelo Administrador do Concelho, em 1 de Abril de 1838.
Consertaram-no depois com as esmolas da Festa de Santa Luzia.
Fazem ainda parte da igreja várias dependências e uma ampla e formosa sacristia, cujas paredes são revestidas por um silhar de Azulejos azuis e brancos, com cenas profanas em medalhões ovais.